Thời kì cộng sản ở Đông Đức chỉ tồn tại được hai tháng sau sự loại bỏ Honecker. Ba tuần sau khi Honecker bị lật đổ, Bức tường Berlin sụp đổ và Đảng Xã hội Chủ nghĩa Thống nhất Đức nhanh chóng mất quyền kiểm soát đất nước. Vào ngày 1 tháng 12, quyền được bảo đảm của đảng đã bị xóa bỏ khỏi hiến pháp. Hai ngày sau, ông bị trục xuất khỏi SED cùng với các cựu quan chức khác.[10] Nhưng Honecker vẫn tiếp tục gia nhập Đảng Cộng sản Đức mới thành lập, và vẫn là thành viên từ năm 1992 cho đến khi qua đời.

Trong tháng 11, Đại hội Nhân dân Đức đã thành lập một ủy ban điều tra tham nhũng và lạm dụng chức vụ, trong đó Honecker bị cáo buộc đã nhận được sự đóng góp hàng năm từ Học viện Kiến trúc Quốc gia với khoảng 20.000 điểm là "thành viên danh dự".[11][12] Vào ngày 5 tháng 12 năm 1989, công tố viên trưởng ở Đông Đức chính thức khởi động một cuộc điều tra tư pháp chống lại ông với tội danh phản quốc ở mức độ cao, lạm dụng niềm tin và tham ô vào bất lợi nghiêm trọng của tài sản xã hội chủ nghĩa[13] (tội danh phản quốc sau đó đã bị hủy bỏ vào tháng 3 năm 1990).[14] Kết quả là, Honecker bị quản thúc tại gia trong một tháng.[15]

Sau khi dỡ bỏ lệnh quản thúc tại gia, Honecker và vợ Margot đã buộc phải rời khỏi căn hộ trong khu nhà ở Waldsiedlung, Wandlitz, được sử dụng độc quyền bởi các thành viên cao cấp của SED, sau khi Đại hội Nhân dân quyết định đưa nó vào sử dụng làm nhà điều dưỡng cho người tàn tật.[16] Trong mọi trường hợp, Honecker đã dành phần lớn tháng 1 năm 1990 trong bệnh viện sau khi lỗi khối u bị bỏ sót vào năm 1989 và đã được chữa sau khi nghi ngờ ông bị ung thư.[17] Khi rời bệnh viện vào ngày 29 tháng 1, ông bị bắt lại và bị giữ tại trung tâm tạm giam Berlin-Rummelsburg.[18] Tuy nhiên, vào tối ngày hôm sau, 30 tháng 1, Honecker lại được thả ra khỏi nơi giam giữ: Tòa án quận đã hủy bỏ lệnh bắt giữ và, do các báo cáo y tế, nên ông không bị giam giữ và thẩm vấn.[19]

Không có nhà, Honecker đã chỉ thị luật sư Wolfgang Vogel yêu cầu Nhà thờ Tin Lành ở Berlin-Brandenburg giúp đỡ. Mục sư Uwe Holmer, lãnh đạo của Viện Hoffnungstal ở lobetal, Bernau bei Berlin, đã mời hai vợ chồng một ngôi nhà trong nhà giam của ông.[20] Điều này đã gây ra sự lên án ngay lập tức và sau đó là các cuộc biểu tình chống lại nhà thờ vì đã giúp đỡ Honeckers, vì cả hai đều phân biệt đối xử với các Kitô hữu không tuân thủ hệ tư tưởng của chế độ SED.[20][21] Ngoài việc ở tại một nhà nghỉ ở Lindow vào tháng 3 năm 1990 chỉ kéo dài một ngày trước khi các cuộc biểu tình nhanh chóng kết thúc,[22] cặp vợ chồng cư trú tại nhà Holmer cho đến ngày 3 tháng 4 năm 1990.[20]

Họ sau đó chuyển đến một khu nhà ở ba phòng trong bệnh viện quân đội Liên Xô ở Beelitz.[23] Tại đây, các bác sĩ chẩn đoán khối u gan ác tính sau khi kiểm tra lại. Sau khi tái thống nhất nước Đức, các công tố viên ở Berlin đã ban hành lệnh bắt giữ đối với Honecker vào tháng 11 năm 1990 với cáo buộc ông ta đã ra lệnh bắn vào những người trốn thoát ở biên giới nội Đức vào năm 1961 và đã lặp đi lặp lại nhiều lần mệnh lệnh đó (cụ thể nhất là vào năm 1974).[24] Tuy nhiên, lệnh này không được thi hành vì Honecker đang nằm dưới sự bảo vệ của chính quyền Liên Xô ở Beelitz.[25] Vào ngày 13 tháng 3 năm 1991, Honeckers đã trốn khỏi Đức từ sân bay Sperenberg do Liên Xô kiểm soát tới thủ đô Moskva trên một máy bay phản lực quân sự với sự trợ giúp của các nhà kiên quyết ủng hộ Liên Xô.[26]

Thủ tướng Đức chỉ được các nhà ngoại giao Liên Xô thông báo về chuyến bay của Honeckers tới Moskva trước một giờ.[27] Điều đó hạn chế phản ứng của Liên Xô trước một cuộc biểu tình công khai, tuyên bố sự tồn tại của lệnh bắt giữ có nghĩa là Liên Xô đã vi phạm luật pháp quốc tế bằng cách thừa nhận Honecker.[27] Phản ứng ban đầu của Liên Xô là Honecker hiện đã quá yếu để đi lại và đang được điều trị y tế sau khi sức khỏe giảm sút.[28] Ông đã trải qua cuộc phẫu thuật tiếp theo vào tháng sau.[29]

Vào ngày 11 tháng 12 năm 1991, Honeckers tìm nơi trốn tránh trong Đại sứ quán Chile tại Moskva, đồng thời xin tị nạn chính trị ở Liên Xô.[30] Bất chấp lời đề nghị giúp đỡ từ Triều Tiên,[31] thay vào đó, Honecker hy vọng được bảo vệ đặc biệt từ Chile vì dưới thời của Honeckers, Đông Đức đã cho nhiều người Chile lưu vong sau cuộc đảo chính quân sự năm 1973 của Augusto Pinochet.[32] Ngoài ra, cô con gái Sonja đã kết hôn với một người Chile.[33]Tuy vậy, Chính quyền Chile tuyên bố ông không thể vào đất nước của họ mà không có hộ chiếu Đức hợp lệ.[34]

Mikhail Gorbachyov đã giải thể Liên Xô vào ngày 25 tháng 12 năm 1991 và trao lại tất cả các quyền lực cho nhà lãnh đạo Nga Boris Yeltsin. Chính quyền Nga từ lâu đã rất muốn trục xuất Honecker,[35] trái với mong muốn của Gorbachyov,[36] và chính phủ mới hiện yêu cầu ông rời khỏi đất nước nếu không phải đối mặt với việc bị trục xuất.[37]

Vào tháng 6 năm 1992, Tổng thống Chile Patricio Aylwin, lãnh đạo một liên minh cánh tả, cuối cùng đã đảm bảo với Thủ tướng Đức Helmut Kohl rằng Honecker sẽ rời Đại sứ quán ở Moskva.[38] Được báo cáo là trái với ý muốn của ông,[39] Honecker đã bị đuổi ra khỏi đại sứ quán vào ngày 29 tháng 7 năm 1992 và bay đến sân bay Tegel của Berlin, nơi ông bị bắt và giam trong nhà tù Moabit.[40] Ngược lại, người vợ Margot đi trên chuyến bay thẳng từ Moskva đến Santiago, Chile, nơi bà ban đầu ở cùng con gái Sonja.[41] Các luật sư của Honecker đã không thành công kháng cáo cho ông được thả ra khỏi nhà tù trong giai đoạn dẫn đến phiên tòa.[42]